西历2059年，向着银河中心进发的Macross Frontier移民船团与宇宙生物Vajra的“Vajra战役”持续进行中。某日，Frontier船团民间军事会社S.M.S所属骷髅小队队长奥兹马·李与同僚鲍比·马尔格兜风时，遭遇了保存于某移民船团记录映像中的同Vajra完全不同..
